‍脉动真空灭菌器‍的工作原理基于微生物在受到热力作用时，其蛋白质分子的运动加速，互相撞击，导致连接肽链的付键断裂，促使其分子由有规律的紧密结构变为无秩序的散漫结构，造成大量的疏水基暴露于分子表面并互相结合成为较大的聚合体而凝固沉淀。这个过程通过不可逆地破坏酶和结构蛋白，继而达到杀灭微生物的目的。具体来说，脉动真空灭菌器在开始灭菌过程时，首先通过真空泵将灭菌器内部的空气和蒸汽抽出，形成一定程度的真空，然后通过蒸汽发生器注入一定量的蒸汽，从而使灭菌器内部形成高温高湿的环境，从而对灭菌物品进行灭菌。这个过程包括预真空和脉动真空两个阶段，预真空是在高压蒸汽灭菌在对灭菌室进蒸汽前，进行一次抽真空，尽量排除灭菌室内的空气后再进入蒸汽进行灭菌的方法；脉动真空则是反复多次地对灭菌室进行抽真空，即抽完一次真空，再向灭菌室进入一定量的蒸汽，让剩余空气和蒸汽进行混合并达到一定的正压再进行抽真空，经过反复多次的抽真空最后进入蒸汽灭菌的方法。

脉动真空灭菌器的应用范围广泛，包括医疗器具、手术器械湿热灭菌和灭菌后的干燥处理，以及在制药行业中对瓶塞、操作工具、大量的工作服等不需降温防爆的布类物品或药品进行灭菌。此外，它还可用于食品灭菌和药材的灭菌、熏蒸和烘干。