高深度、超多重 —— 定义血浆蛋白质组学检测新高度
时间:2024-12-26 阅读:43
血浆蛋白质组学检测在现代医学与生命科学领域占据着举足轻重的地位。其重要性在于能够从蛋白质层面全面剖析血浆这一复杂的生物样本,为众多疾病的早期诊断提供价值的生物标志物。然而,血浆是一个复杂的样品,血浆中蛋白质种类繁多,数量可达上万种,且浓度分布极不均衡,浓度跨度超过 10 个数量级,其中前 22 个蛋白质约占总蛋白质质量的 99%。在其他 1%的总蛋白质质量中发现了数千种较不丰富的蛋白质,并对生物学和健康产生重要影响。目前蛋白质组研究的主要挑战是许多当前用于研究蛋白质的方法在深度或通量方面有限,因此无法访问足够强大的研究来检测生物信号中的数千种低丰度蛋白质。
一、Proteonano™低丰度蛋白组富集技术:
珞米Proteonano™富集低丰度血浆蛋白组试剂盒是基于选择性亲和超顺磁性纳米探针的技术,纳米粒子直径仅为 200 nm,并且具有均一性。其表面通过化学偶联反应蛋白质富集探针,每个纳米磁珠表面约有 300,000 个蛋白质结合位点用于富集人类蛋白质组。每个纳米探针物理空间仅为10 飞升,比传统100 μL 体系小了100亿倍,这使得对低丰度蛋白质的检测灵敏度提升100万倍。因此,传统质谱蛋白质组学无法检测蛋白质组也能够被鉴定到,这为蛋白质组学分析带来大规模并行检测和超宽丰度范围,并且为大规模蛋白质生物标志物的发现提供一把研究利器。
一、Proteonano高深度超多重蛋白组学整体方案:
Nanomation™ G1内置整套针对Nanomics Discover Panel和蛋白质组学常用试剂的工作流
程,客户只需要根据程序提示摆放试剂和耗材即可开始实验。
一、12K人类人类血浆蛋白组数据库
珞米12K人类血浆蛋白组数据库在前期8K数据库的基础上实现了显著扩展,现已覆盖蛋白组学平台的数据,涵盖了超65%的Olink 5K、SomaLogic 11K蛋白组数据,约93%的HPPP人类血浆蛋白质组数据库,以及84%的FDA-approved circulating biomarkers,涵盖12000个蛋白600种疾病,是珞米在蛋白组学研究领域的一个里程碑突破。
一、实测数据:稳定 & 客观
l 蛋白质鉴定数显著提升:不同Discover Panel检测蛋白质数目均超过3000种,达到5000种
l 稳定性:蛋白质定量CV平均值为15%,中位值为11%
l 蛋白质鉴定深度显著拓宽:蛋白质动态范围横跨超9个数量级(>9 logs),大大拓宽了检测的动态范围
l 大量低丰度蛋白捕获:捕获的蛋白中,70%为丰度低于10 ng/mL的低丰度蛋白
五、血浆蛋白质组样本标准化采集注意事项
血液蛋白质组分析是临床蛋白质组学需要实现的挑战性的任务之一,因为样本的复杂性,如蛋白质在非常动态的浓度下的异质性,以及血浆/血清标本样本收集和存储条件不当均会对检测结果造成的不良影响,以至得出错误结论,为此,项目开展前,应当考察样本质量。可能存在的样本因素:
① 样本溶血
② 样本存在污染
③ 样本冻存时间
④ 血浆样本预处理方式
推荐血浆预处理方式:
血浆:新采集的样品在室温下1 小时内或4℃条件下 8 小时内离心。
血清:新采集的样品在室温下凝血 30-60 分钟,然后离心。
保存或运输:样品应储存在- 80°C的冰箱中,使用干冰运输。
其他:
记录如何收集和处理样品。
保证一项研究所有样品的处理方法尽可能一致。例如: 所有样本离心时温度和离心速度保持一致,血浆抗凝剂应保持一致;采集血清时,应保持凝血时间和条件一致。
如果可能尽量使所有样品冻融循环次数保持在相同范围内。