仪器准备与启动：首先，确保毛细管电泳仪处于正常工作状态，检查所有外部连接是否牢固。然后，打开电泳仪的电源开关，等待一段时间以确保仪器达到稳定工作温度。启动电泳仪上的控制软件，并连接电泳仪与电脑。

样品处理：准备待测样品，并标记好每个样品的相关信息，如样品编号、浓度等。根据样品特性选择适当的预处理方法，如蛋白质样品可能需要进行还原、热变性等处理。

样品注射：取一根胶管，一端插入装有待测样品的样品瓶中，另一端插入电泳仪的样品槽中。打开电泳仪软件上的样品注射选项，设置注射时间和注射电压。确保胶管中没有气泡，控制好注射速度，使样品缓慢注入到毛细管中。

电泳：设置所需的电泳参数，包括电压、电流、电泳温度等。在电泳仪软件上选择相应的电泳方法，并输入相关参数。点击开始电泳按钮，启动电泳过程。电泳过程中，由于管壁硅羟基的存在会产生电渗流，电渗流将推动整个毛细管柱内的溶液定向移动，从而根据样品中各组分的淌度（单位电场强度下的迁移速度）和分配行为的差异实现各组分的分离。

数据记录与分析：在电泳完成后，电泳仪将收集并记录相关数据。这些数据可以通过软件进行进一步的分析和处理，以获取样品的详细信息。