大肠杆菌表达系统是目前应用*泛地蛋白表达系统。它具有：遗传背景清楚；易于培养和控制；转化操作简单；表达水平高；成本低；周期短等特点。同时是常用也是经济实惠的蛋白表达系统，在基因表达技术中发展最早。

主要可能有两种原因，一种是大肠在加入IPTG等诱导剂后大肠停止生长或者裂解，这时候我们要考虑蛋白本身对该菌是有一定毒性的，这时候我们可以选择一些采用严紧控制的宿主菌株，比如带有pLysS的菌株。另外一种原因就是很令人头疼的了，当我们发现出现大面积摇瓶中细菌量逐渐降低甚至培养基回复到澄清状态，就应该怀疑噬菌体污染的可能性了。