PCR仪可标记有荧光素的探针与模板DNA混合后，完成高温变性，低温复性，适温延伸的热循环，并遵守聚合酶链反应规律，与模板DNA互补配对的探针被切断，荧光素游离于反应体系中，在特定光激发下发出荧光，随着循环次数的增加，被扩增的目的基因片段呈指数规律增长，通过实时检测与之对应的随扩增而变化荧光信号强度，求得CT值，同时利用数个已知模板浓度的标准品作对照，即可得出待测标本目的基因的拷贝数。
 

　　PCR仪的PCR反应过程的关键是升、降温过程的时间控制，要求越短越好，当PCR仪的降温过程超过60s，就应该检查仪器的制冷系统，对风冷制冷的PCR仪要较*地清理反应底座的灰尘；对其他制冷系统应检查相关的制冷部件。
 

　　PCR仪清洗：
 

　　1.样品池的清洗
 

　　先打开盖子，后用95%乙醇或10%清洗液浸泡样品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液体，用棉签吸干剩余液体；打开PCR仪，设定保持温度为50℃的PCR程序并使之运行，让残余液体挥发去除。一般5～10min即可。
 

　　2.热盖的清洗
 

　　对于PCR仪当有荧光污染出现，而且这一污染并非来自样品池时；或当有污染或残迹物影响到热盖的松紧时，需要用压缩空气或纯水清洗垫盖底面，确保样品池的孔镜干净，无污物阻挡光路。
 

　　3.PCR仪外表面的清洗
 

　　清洗仪器的外表面可以除去灰尘和油脂，但达不到消毒的效果。选择没有腐蚀性的清洗剂对PCR仪的外表面进行清洗。