NEBiolabs的产品介绍
时间：2024-03-22 阅读：369
CRISPR/Cas9 系统是当下很流行的基因编辑工具，在基础研究和临床转化中展现日益强大的实力。CRISPR/Cas9 系统由 Cas9 蛋白和单链向导 RNA（sgRNA）组成。Cas9 蛋白在 sgRNA 的引导下识别特定的 DNA 序列，进行双链 DNA 切割。因此 CRISPR/Cas9 要实现对目标序列的切割，必须经过两重的考验，一是 sgRNA 和靶 DNA 之间碱基配对，二是靶 DNA 的 3' 端有合适的 PAM 序列。以 SpCas9 为例，其仅能识别编辑 PAM 序列为 NGG 的基因组位点，因而限制了其应用，研究者们一直在尝试优化 Cas9 蛋白，以拓展其对不同 PAM 序列的兼容性。
Cas9 强势升级-EnGen® SpRY Cas9 核酸酶，基本不受 PAM 序列限制，想剪哪里剪哪里 EnGen® SpRY Cas9 核酸酶克隆自化脓链球菌（Streptococcus pyogenes），是一种经过改造的 DNA 内切酶，可在靶向位点特异切割双链 DNA。其靶向切割需要一个大约 100 nt sgRNA，sgRNA 与双链 DNA 底物的 PAM 序列上游紧邻的 20 个核苷酸区域互补。与野生型 Spy Cas9 的经典 5´-NGG-3´ PAM 不同，SpRY Cas9 在体外靶向切割基本上对 PAM 没有序列要求，只需要一个 5´-NNN-3´(1,2) PAM，在 PAM 上游 3 个核苷酸处进行双链切割。EnGen SpRY Cas9 在其编码蛋白的 C 端带有 SV40（Simian virus 40）T 抗原核定位序列（NLS）。 优势一 使用非特异性 PAM（5´-NNN-3´ PAM），消除对双链 DNA 靶向切割的序列限制 优势二 在克隆工作流程中成功用于消化大片段质粒 优势三 可与 EnGen sgRNA 合成试剂盒 S.pyogenes (NEB #E3322)， EnGen 突变检测试剂盒（NEB #E3321）和 NEBuilder® 高保真 DNA 组装预混液（NEB #E2621）联合使用 EnGen SpRY Cas9 核酸酶是来自 S. pyogenes的 Cas9 核酸酶的变体，其 PAM 作用结构域内有几个点突变（1）。与野生型 Cas9 不同，EnGen SpRY Cas9 不受 NGG PAM 的限制，在体外应用中可以在任意三核苷酸序列上游进行双链切割。 EnGen® SpRY Cas9 切割灵活性的演示。A）pXba 的示意图，显示了限制性内切酶 BsrGI 识别位点。矩形框中包含了 BsrGI 识别序列，红色三角形表示切割位点。B）用于靶向 pXba 中 BsrGI 位点的三个 sgRNA 序列。EnGen SpRY Cas9 和 BsrGI 的切割位点均以红色三角指示。SpRY Cas9 非经典 PAMs 以黄色文本表示。C）在 1X NEBuffer r3.1 中，使用 10 units BsrGI 或 1µM EnGen SpRY Cas9 和上述三种 sgRNA（浓度均为1µM）消化 1µg pXba 质粒（22563 bp）。所有反应在 37°C下温育 1 小时，然后在 80°C下温育 5 分钟。通过使用 Agilent gDNA ScreenTape 系统在 4200 TapeStation 仪器上进行凝胶电泳，以比较 BsrGI 和 SpRY 消化后产物 DNA 条带。针对 pXba 质粒的 BsrGI 位点进行定点切割， BsrGI 和 SpRYCas9 切割产生了几乎一致的条带图谱。使用浓度低至 50 nM 的 EnGen SpRY Cas9 和 sgRNA对 1µg pXba 质粒进行消化，结果与浓度 1 µM 的相似。未酶切的 pXba 作为对照进行电泳，但是环状 DNA 在 gDNA ScreenTape 系统中电泳不能精确地按大小进行分离。 在 1X NEBuffer™ r3.1 中，使用 50 nM 的 EnGen SpRY Cas9 和 50 nM 的 sgRNA，在37°C下反应 1 小时，将 1 µg pXba（22,563 bp）在 pVII ORF 起始密码子的下游进行线性化。在继续 DNA 组装之前，线性化质粒可以选择经过柱纯化或不纯化。按照推荐方案，使用 NEBuilder 高保真 DNA 组装试剂盒将编码核定位信号（NLS）标签的寡核苷酸插入到pVII中。通过转化后生长的克隆数量，可以定性评估在 EnGen SpRY Cas9 消化质粒后，有多少转化子来自未消化的质粒。虽然不是必需的，但在组装前对线性化的 pXba 质粒进行纯化可以减少背景菌落百分比。 产品名称 货号 规格 EnGen® SpRY Cas9 核酸酶 M0669T/M 500/2,500 pmol