室内搬动显微镜时，应一手紧握镜臂，另一手托住镜座，使镜体保持直立状态。动作要稳重，慎防目镜,滤色片,反光镜等掉落，如果显微镜在搬动前处于工作状态，则要将有外接照明的电源卸去，取下玻片、滤光片，将物镜旋转在不直对聚光镜的位置，并下降至靠近载物台的近处，使显微镜的重心移下，以免镜头受振动下滑时和聚光镜碰损。搬动时，走路要平稳、坚定、防止滑倒或与他人相撞。

携带显微镜外出工作，运输前应按产品出厂装箱的要求，将显微镜各部件对号地放入它们原来的泡沫塑料盒的位置上，周围填塞好，放些干燥剂(如硅胶)，将盒原样包扎好再搬运。如果显微镜是装在镜箱内的，需将镜体、镜头、照明光源分别放入原位后固定好，箱内放些干燥剂，锁上箱门，搬动时箱内不能有活动声音，注意勿让木箱倒置。运输时可将镜箱装入大箱内包塞好，在箱外做好“精密仪器”的标志。

在使用显微镜前，都应详细地阅读使用说明书，并对照实物弄清每个部件的作用和结构，尽快掌握使用方法。显微镜要细心爱护，由专人保管，或专管共用。应牢记“任何螺旋转不动时决不硬拧”，须查明原因再处理，否则，硬拧会损坏转动部件，影响正常使用。

放置显微镜的房间应清洁，通风，无震动。平时显微镜要加盖防尘罩。使用完毕后目镜、物镜应取下放在专用的镜座上，放入干燥器内。目镜筒上盖好防尘盖，防止灰尘落入镜简内。使用显徽镜时要轻拿轻放，防止碰律和剧烈振动。好将显微镜平稳地放在正靠北窗明亮处的工作台上，以利于白天利用自然光照明。显微镜离工作台边缘的距离约10厘米。

在冬天温度低的环境中使用时，可在镜臂上绑一块软布，以免观察者呼出的水蒸气凝结在镜头上，引起镜头发霉，这块软布一也要经常更洗干净。切不可用手指和硬物接触光学部件表面，发现镜头上有指印、油污、灰尘、水汽等要及时用擦镜纸擦干净。