当液体混合物沿加热板流动并被加热，轻、重分子会逸出液面而进入气相，由于轻、重分子的自由程不同，因此，不同物质的分子从液面逸出后移动距离不同，若能恰当地设置一块冷凝板，则轻分子达到冷凝板被冷凝排出，而重分子达不到冷凝板沿混合液排出。这样，达到物质分离的目的。

　　在沸腾的薄膜和冷凝面之间的压差是蒸汽流向的驱动力，对于微小的压力降就会引起蒸汽的流动。在1mbar下运行要求在沸腾面和冷凝面之间非常短的距离，基于这个原理制作的蒸馏器称为短程蒸馏器。短程蒸馏器（分子蒸馏设备）有一个内置冷凝器在加热面的对面，并使操作压力降到0.001mbar。

　　分子蒸馏的工作流程：

　　1、过滤。

　　污水重力流进滤池，滤池中设有布水堰，通过引导从滚筒一端进入滚筒，再通过筒外表面上的长孔沿径向流向多边形过滤盘腔。

　　2、清洗。

　　过滤过程中，随着固体悬浮物的不断累积，部分污泥吸附于滤布的内侧，逐渐形成污泥层，短程分子蒸馏的主机同时启动，带动过滤转盘旋转，对过滤盘上的滤板进行清洗。

　　3、排垢。

　　过滤板清洗过程中，泥水流入滚筒内的排泥槽里，自动排出。