毛细管电泳仪每次运行间毛细管的清洁处理：

　　·在相同实验条件下每个样品之间的冲洗步骤应只以运行缓冲液冲洗为佳，避免NaOH、水等物质的冲洗。

　　·缓冲液冲洗的时间一般为2-5min，如果重复性不佳，可提高冲洗压力或延长时间来尝试提高实验的重复性。

　　·若以上步骤还是难以达到理想的实验重复性且出现每次出峰时间的后移情况，则是因为样品中物质在毛细管内壁的吸附所引起，此时则需要使用0.1M　NaOH的冲洗，冲洗时间为2min左右，以去除毛细管内壁上的吸附物，此后再用水和运行缓冲液较长时间冲洗，以确保缓冲液与毛细管内壁之间的平衡稳定形成。

　　·对于使用SDS或CTAB等表面活性剂的实验，需要注意这些表面活性剂与毛细管表面之间的平衡对实验重复性是至关重要的。所以此类实验一般不采用NaOH洗毛细管，而是采用缓冲液的长时间冲洗和预电泳来提高实验的重复性。当实验进行到一定次数以后再用NaOH米清洁毛细管，并用运行缓冲液长时间冲洗获得平衡。

　　毛细管插入样品溶液后，应立即开始进样操作，完成后迅速移至缓冲液中开始电泳。否则会产生毛细作用和虹吸现象，引起误差并使谱带展宽。

　　毛细管电泳仪使用操作：

　　1.电极不要和毛细管接触，样品贮器和缓冲液贮器液面的高度应保持平衡。

　　2.使系统尽可能保持恒温。因温度直接影响粘度，而影响进样量的恒定。

　　3.样品溶液中的溶剂需要与缓冲液互溶，前者的离子强度应低于后者。

　　4.防止样品溶液和缓冲液蒸发、损耗。