固相萃取的基本程序一般可分为以下五个步骤，但在实际应用中可根据分析手段对样品的要求对这五个步骤进行增加或减少。比如，当使用离子交换原理进行样品萃取时就需要增加调节萃取体系pH的步骤。

　　步骤：

　　1.固相萃取柱的预处理活化：用适当的溶液对固相萃取柱进行预处理活化，可以展开碳氢链，增加和目标分析物作用的表面积，可以除去柱上吸附的对分析有影响的杂质，保证良好的萃取再现性，同时注意在上样前预处理好的固相柱必须保持湿润。

　　2.固相萃取柱的上样：将样品加于固相萃取柱中，用正压或负压使样品通过柱子，控制好样品的流速，对于生物样品，一般控制在1.5 ml/min。对于以离子交换为作用机理的萃取，样品通过固相萃取柱的速度应该适当的降低，以保证分析物有足够的时间与SPE柱填料的离子交换功能团发生充分的作用。

　　3.固相萃取柱的淋洗：用适当的清洗溶剂选择性地洗掉附着力弱的杂质而保留目标分析物于固相萃取柱上。清洗溶剂的选择取决于最后的分析手段。

　　4.固相萃取柱的干燥：如最后的清洗溶剂为缓冲溶液或水溶性有机溶剂，而分析手段为反相HPLC，固相柱上的残留水对分析影响不大。但是，当洗脱剂为非水溶性有机溶剂或分析手段又为GC或GC-MS时，固相柱的干燥就显得特别重要。

　　5.目标分析物的洗脱：选择洗脱溶剂时必须考虑有足够强度的洗脱剂，要以最小用量的洗脱剂将尽可能多的目标分析物洗脱下来；同时还要兼顾洗脱剂必须有足够的选择性，选择只将目标分析物洗脱，而吸附力强的杂质保留在柱上。