冻干机具有多重保护：压缩机排气超温、电机超温、冷水防冻等温度保护：过电流、缺相、逆相等电气保护：冷媒系统高低压、油位、断水等非常状态保护。使用冻干机时，必须事先在天平上精密地平衡离心管和其内容物，平衡时重量之差不超过各个二手冻干机说明书上所规定的范围，每个二手冻干机不同的转头有各自的可以差值，转头中不能装载单数的管子，当转头只是部分装载时，管子必须互相对称地转头中，以便使负载均匀地分布在转头的周围。