自来水处理用二氧化氯要好些。采用次氯酸钠消毒会产生较多的消毒副产物，如二氨乙酸、氯仿等。动物实验表明，不少氯化副产物具有致突变性和致癌性，许多流行病学调查结果认为，饮水氯化消毒与人群膀胱癌、结肠癌和直肠癌的发病率增加有关；二氧化氯属氧化消毒剂，在水中具有很强的氧化和消毒作用，效果可靠，而且不会产生三卤甲烷等物质，现已被国际组织认定为A1级新一代化学消毒剂。

二氧化氯的优点在于：

1、二氧化氯以分子态在水中存在，其分子以对微生物细胞的高穿透力和强氧化性迅速杀灭微生物。二氧化氯作为第四代高效、光谱杀菌剂，杀菌过程为氧化还原反应，杀菌速率快，杀菌效果是次氯酸钠的4～5倍。

2、二氧化氯，其杀菌效果基本不受水质PH值的影响。 在水质较差微生物含量较高或污染较严重的情况下，由于次氯酸钠杀菌速率较慢，杀菌效果也很差。

3、而二氧化氯由于氧化性强杀菌速度快，在水质差的情况下更凸现其杀菌的高效性能。

4、二氧化氯以分子态存在于水中，稳定性较高，而次氯酸钠较易分解；因此，二氧化氯可以维持更长的杀菌时间。

5、二氧化氯在杀菌过程以氧化反应为主，不产生任何对人体有害物质。在使用中不但不会产生异味，而且会消除由于水中酚类及其它有机物产生的异味。

6、二氧化氯与次氯酸钠相比具有较大的优势，可以达到对各种水处理杀菌、灭藻、除臭、去味的目的。另外，二氧化氯对各项病毒、后生动物及有机污染物的处理效果普遍优于次氯酸钠。