微生物质谱鉴定分析系统主要部分构成：

主机：主机是系统的核心部分，包括离子探测器、真空系统、质量分析器、离子源、激光器、XY移动平台、靶点摄像以及高压脉冲盒电源系统。这些组件共同协作，确保系统的正常运行和高效分析。

附件：附件部分主要包括靶板和靶托，它们用于支撑和固定待分析的微生物样本。

软件：软件部分通常为外控型软件组件，它负责控制整个系统的运行，包括数据的采集、处理和分析等。

此外，微生物质谱鉴定分析系统还可能包括其他辅助设备，如进样系统、数据处理系统等。这些设备共同协作，使得系统能够高效、准确地对临床分离出的微生物（如细菌、真菌和分枝杆菌）进行鉴定。