消毒是指杀死微生物的物理或化学手段，但不一定杀死其孢子。灭菌是指杀死所有微生物，当培养箱内细胞受到污染时则需要采取灭菌措施。一般，在培养箱内细胞没有污染的情况下平均1-3个月消毒一次。的3种消毒灭菌的方式是：液体消毒剂、紫外和加热。
　　①液体消毒剂：选择对培养箱无腐蚀性的液体消毒剂，并且液体消毒剂的消毒效果好坏和很多因素有关。比如：场所的温度、接触时间、pH、穿透能力、有机物的反应。这些因素中的一些很小的变化可能会造成去污剂的效力上大的不同。因此甚至在很有利的情况下，当最终要求必须无菌时，液体去污剂也可信赖的去污方法。
　　②紫外消毒：一般先用蒸馏水清洗干净后，再用培养箱自带的紫外灯照射一天或者用手提式的紫外灯照射。因被遮挡时或距离远时都会削弱紫外灭菌的效果，紫外灭菌方式较为简单。
　　③加热：湿热和干热被认为是杀菌的方法。在一般环境下，高压灭菌器加热到121℃快速产生蒸汽是的方法，但是二氧化碳培养箱无法进行高温高压灭菌，只能退而求其次进行90℃湿热灭菌，但90℃因为温度过低，起不到100℃以上水蒸汽所带来的渗透性和高压力效果，所以灭菌效果也大打折扣.而干热140℃-180℃，可以起到灭菌的作用。