在分析组分简单的样品时采用等温程序，这样分析周期较短，特别是用填充柱时，气相色谱仪色谱图基线要比程序升温平稳得多。但是在等温分析时，基线也常会出现上下波动，不规则漂移。

恒温分析时，造成基线不规则漂移，与气体流速、柱系统、检测器、温控系统等有关，如气体泄漏、比例调节不当、色谱柱污染或柱流失严重，检测器污染或损坏等，都会造成基线不规则漂移，主要表现为：

1载气不稳定，可能漏气；

2氢火焰离子化检测器中，氢气与空气比例调节不稳定；

3色谱固定相流失，在使用高灵敏度检测器时尤其明显；

4色谱柱前段被高沸点物质污染；

5色谱柱出口与检测器连接的管道不干净；

6热导检测器热敏元件损坏；

7离子化检测器的静电计损坏或者预热不够；

8热导池检测器的电桥部分出故障；

9记录仪故障；

10仪器防止位置不适宜，附近有出风口、热源或温度变化较大的设备等；

11仪器接地不良。