清洗流程主要包括：

保证溶液混合均匀：在开始清洗之前，需要确保溶液被混合均匀，并且把温度和PH值调到所需要的值。

低流量输入清洗液：首先用清洗水泵混合一遍清洗液，预热清洗液时应以低流量进行。然后以尽可能低的清洗液压力置换元件内的原水，其压力仅需达到足以补充进水至浓水的压力损失即可，即压力必须低到不会产生明显的渗透产水。低压置换操作能够最大限度的减低污垢再次沉淀到膜表面，视情况而定，排放部分浓水以防止清洗液稀释。

循环：当原水被置换掉后，让清洗液在浓水管路中循环回清洗水箱，并保证清洗液温度恒定。

浸泡：停止清洗泵的运行，让膜元件浸泡在清洗液中。有时元件浸泡1小时就足够了，但对于顽固的污染物，需要延长浸泡时间，如浸泡10～15小时或浸泡过夜。为了维持浸泡过程的温度，可采用很低的循环流量。

高流量水泵循环：高流量能冲洗掉被清洗液洗下来的污染物。