由于存在杂质，会出现不正确的阳性或阴性结果，提供一套干净的设备，包括移液器和架子，专门用于PCR。在移液器、架子和长凳上使用漂白剂、乙醇来擦去污染物。为所有PCR反应分配预留空间，以进一步减少颗粒污染。在每一步都使用干净的手套并经常更换。

要避免PCR板与产品过载。尽管希望同时运行多个产品，但它会导致PCR板的交叉污染。用不同的产品使PCR板超载会浪费，并且很难确定样品。

在使用PCR板时，确认熔解曲线的分析具有重要意义，因为它是选择正确退火温度的良好指标。引物设计软件辅助设计，提供正确的退火温度，直接减少PCR板中的错误。