为了给予试剂一个安全洁净的储存环境，自净式储药柜中需要有循环气流的存在。气流的形式可能是室内空气与柜内气体之间的循环，也有可能是柜内的循环。这两种循环方式的气流也相应地被称作外循环气流和内循环气流。共同点是两种循环气流都需要通过过滤系统，以去除气流中的污染成分。

外循环气流（用于自净式常温储药柜）

1. 在外循环气流设计中，室内空气穿过下部统一入口处的初效预过滤器后，进入储药柜。预过滤器将较大的颗粒物去除，防止室内气体的交叉污染。

2. 室内气体进入柜体后，依次通过每一层储存区，与挥发化学气体和气溶性颗粒物混合后，进入顶部的多级过滤系统。

3. 排出气体首先穿过初效预过滤器，把气流中较大的颗粒物过滤掉。

4. 然后通过高效过滤器，去除较小的有害气溶性颗粒物

5. 气流随后通过活性炭过滤器，将全部化学气体吸附下来，以防这些成份进入实验室产生难闻的气体和带来潜在的健康隐患。

内循环气流

（用于自净式冷藏储药柜）

1. 柜内循环气流全部通过初效预过滤器和活性炭过滤器，去除污染成分后被抽送到头部冷却室。

2. 在冷却室，循环气流通过与制冷系统的热交换降低温度，降温后的气流进入柜内储存区。

3. 在柜内储存区，低温气流使储存试剂降温，同时把污染成分带离储存区

4. 循环气流被重新收集到顶部过滤区，进入下一个循环，直到循环气流稳定在设定的温度范围内

5. 在气流循环过程中，保证温度稳定的情况下，气流不断得到净化。