微波化学式建立在通过 ‘微波介电加热’效应的基础上来有效加热物质的。介电加热时通过两种主要机理来加热的。
偶极极化：能够在微波辐射下产生热的物质必须具有偶极矩，当施加电场发生震荡时，偶极场在交流电场中进行重排。在这一过程中，由于分子间的摩擦和介电损失，能量以热的形式被消耗。
离子传导：在离子传导过程中，样品中溶解的带电粒子在微波场的影响下前后震荡，与其邻近的分子或原子碰撞，碰撞引起搅动或运动，便形成了热。在介电加热中，电磁能首先转化为动能，然后转化为热能。
微波消解仪是如何工作的，可以先从物质与微波的作用方式开始。物质与微波的作用方式可以分为三类：导体反射微波，绝缘体透过微波，电介体吸收微波。微波消解仪的消解罐材质都是绝缘体方便微波透过，然后其中的酸试剂（电介体）可以吸收微波并被加热。微波消解仪中的微波由腔体中的磁控管产生。