(1) 霉菌培养箱应由专人负责管理，操作盘上的任何开关和调节旋扭一旦固定后，不要随意扭动，以免影响箱内温度，CO2、湿度的波动，同时降低机器的灵敏度。
(2)如长期不使用二氧化碳时，应将CO2开关关闭，防止CO2调节器失灵。
(3)所使用的CO2必须的纯净的，否则降低CO2传感器的灵敏度和污染CO2过滤装置。
(4)在无湿度控制的培养箱内，为保持箱内CO2的稳定，要在箱内底层放入一个盛水的容器。另外还有一种三气培养箱，该培养箱是在二氧化碳培养箱的基础上进一步改进的新产品。其原理同其它培养箱一样，特点在于不仅可加入CO2，还可加入氮气和氧气，并全部由电脑控制和调节各种不同气体的含量。主要用于一些特殊微生物的繁殖和培养。
(5)所加入的水必须是蒸馏水或无离子水，防止矿物质储积在水箱内产生腐蚀作用。每年必须换一次。