1、分离程度相对于传统蒸馏更高，短程分子蒸馏能够分离常规不易分开的物质。
2、没有沸腾鼓泡现象，短程分子蒸馏是液层表面上的自由蒸发，在低压力下进行。因为液体中无溶解的空气，所以在蒸馏过程中不能使整个液体沸腾，没有鼓泡现象。
3、无毒、无害、无污染、无残留，可得到纯净安全的产物，且操作工艺简单，使用设备数量少。　由于短程分子蒸馏具有蒸馏温度低于物料的沸点、蒸馏压强低、受热时间短、分离程度高等特点，因而能大大降低高沸点物料和热敏性物料的分离技术难度，地保护了热敏物料的特点品质。该分子蒸馏设备尤其用于天然保健品等的提取，可摆脱化学处理方法的束缚，真正保持了的特性。
　　短程分子蒸馏仪的缺点：
　　分子蒸馏设备价格相对于传统蒸馏设备较高，分子蒸馏装置使用时必须保证体系压力达到的高真空度，对材料密封要求较高，且蒸发面和冷凝面之间的距离要适中，造成设备加工难度较大，成本造价高。
短程分子蒸馏的优点有多，很大程度上取代了传统蒸馏仪器，比较适合实验室使用。