1、加热介质：使用蒸馏水和去离子水，这将防止在水浴壁上产生水垢。注意不要使用有机溶剂作加热介质。
2、除藻剂：不加热时，在水浴的水中加以除藻剂，可防止生物污染。不应使用酸性除藻剂，并应确保所用除藻剂不会影响所要处理的样品。
3、换水：水浴中的水建议一周一换，不超过一月。
4、酸性环境：当接触或暴露于酸性材料、蒸汽或样品后，应当立刻清洗，用适度的碳酸氢钠溶液或其它相似溶液中和，再用清水冲洗。长时间接触酸性物质，将会损坏仪器。如长时间接触酸性物质，则应采取保护措施。
5、针头：每次使用完针后都应清洗，尽量减少针的污染。可使用有机溶剂冲洗、高压消毒和索氏提取等技术。
6、浸没：浴底耐水但不防水。不能将水浴浸泡在任何液体中，或放置在可能发生浸泡的地方。