对于手动清洗分液漏斗振荡器，只能使用具有柔软非磨蚀性刷毛，或者干净的海绵，以及其他擦拭材料。不要将擦拭材料与清洁剂一起使用。每次使用前检查分液漏斗，如果有划痕，缺口，破裂或损坏则丢弃，当使用分液漏斗振荡器时，按照说明使用和维护。
分液漏斗振荡器的维护需要避免不当操作，请勿在分液漏斗内放置金属或其他硬物，否则会划伤玻璃并导致破损和伤害。不要使用强碱性产品和氢氟S作为清洁剂，也会损坏分液漏斗并导致破损，从而导致问题，也不能使用磨砂清洁剂，包括柔软的清洁剂，这些会刮伤玻璃容器并导致的破损和伤害。
在使用分液漏斗振荡器时，不能佩戴各种首饰，也勿将手放在分液漏斗内，尤其是戒指会造成分液漏斗内部划伤并导致破损和伤害，不要将分液漏斗加热到太高的温度，导致在玻璃中引入应力，出现破裂。另外，在分液漏斗振荡器加热时，请使用低热量或中热量设置，高热板设置会导致分液漏斗过度局部加热，导致破损，除非分液漏斗振荡器使用建议说明，否则不要进行加热，即使具有更高的机械强度，否则更容易因热冲击而破裂。
分液漏斗振荡器的维护可以通过混合粉末或清洗剂进行，不同大小的刷子将有助于清洗弯曲的分液漏斗。如果分液漏斗没有马上清洗干净，也可以用肥皂水长期浸泡，使用温暖的水有助于溶解和除去油脂。肥皂水可以用自来水冲洗，再使用离子水，Z后用丙酮。
酸和氧化剂可以除去分液漏斗内的盐、金属和有机试剂，酸应在通风良好的油烟罩内使用，分液漏斗清洗是一个多步骤的过程，Z常见的做法，用有机溶剂冲洗，然后用温水和肥皂水，还需要用自来水冲洗，去离子水，Z后用丙酮，放置在一个架子上晾干。