SIM Bridge：SIM Bridge 工具允许将从其它源导出的 SIM 方法转换为 TSQ 9000 系统方法。这些 SIM 方法可立即在 TSQ 9000 系统上运行，或通过 AutoSRM 将 SIM 信息转换为功能强大的 SRM 方法。

AutoSRM：AutoSRM 是您专属的系统集成质谱方法开发专家。该软件以非常简单高效的工作流程指引您开发出优化的 SIM 目标离子或 SRM 离子对。如果您希望从当前的 SIM 方法进行开发，SIM Bridge 可通过导入方法详细信息来简化工作流程。总之，系统具备完整的 MS 和 MS/MS 方法开发独立性，即使对于经验较少的用户也是如此。

Timed-SRM 方法：随着更多化合物被添加到单次运行方法中，管理采集窗口变得越来越复杂。TSQ 9000 系统通过自动优化特定化合物的目标离子显著降低这种复杂性。只需简单输入保留时间和采集窗口，t-SRM 就会负责其余工作。确保达到化合物检测的条件以获得大灵敏度，并且可以将更多的化合物添加到该方法中，而不会损失每种分析物的优异灵敏度。在这些化合物没有洗脱时，质谱仪不损耗任何有价值的离子源扫描。

保留时间校准（RTA）技术：新型 RTA 工具是一种更快、更灵活、更简单的方法，可在日常进行高通量 GC-MS 分析时维持保留时间稳定。该工具使用测量的色谱柱死时间和参比物质的保留时间来提供新的色谱柱长度和内径参数（或校正的压力或流量值），以重新校准色谱图所有峰的保留时间。 这意味着在更换或切割色谱柱时，用户可以快速调整其保留时间并反馈到采集结果。

SmartTune：SmartTune 是用于 Thermo Scientific ISQ 和 TSQ 仪器的新型简化调谐工具。这种直观的工具可使调谐不再复杂，并确保您的系统在运行样品之前达到您所需的性能状态。简单的操作界面可以进行有效的检查和调谐，智能地省略过程中的任何不必要步骤，从而实现更快的调谐操作。如果检查发现了问题，SmartTune 会向您推荐纠正措施。此外，SmartTune 允许用户定制目标，以保证分析序列之间的性能一致性。