黄酮类化合物主要有黄酮糖苷与苷元两种形式，天然银杏中95%以上的黄酮是以糖苷形式存大的，研究者大量研究显示，黄酮苷元和糖苷有不同的生理作用。例如，黄酮苷元清除人体氧自由基的生物活性明显优于黄酮糖苷。

银杏叶提取物中的槲皮素葡萄糖苷在水解之后相当于300微摩尔每升的槲皮素，与1毫克每毫升的GBE诱导产生的血管扩张作用相比，300微摩尔每升的槲皮素诱导生产的血管扩张作用更强。糖苷型黄酮类化合物进入消化道后水解成苷元才能被吸收利用，如大豆异黄酮的吸收主要通过两种途径，脂溶性的苷元可从小肠直接吸收，而以苷类形式存在的异黄酮不能通过小肠壁，而是通过结肠中细菌的β葡萄糖苷酶而水解，生成的产物又进一步被细胞降解生成苷元。

研究者在研究黄酮在人体中的吸收中指出，小肠是吸收类黄酮配糖基的主要部位，而类黄酮化合物的脱葡萄糖基是吸收代谢的关键部位，而类黄酮化合物的脱葡萄糖基是吸收代谢的关键一步，而且小肠上皮细胞中的β葡萄糖苷酶的活性是关系黄酮类化合物生物效价的决定因素。