1、在使用前，一定要注意色谱柱的储存液与要分析样品的流动相是否互溶。在反相色谱中，如用浓度的盐或缓冲液作洗脱剂，应用 10 ％左右的低浓度的有机相洗脱剂过渡一下，否则缓冲液中的盐在浓度的有机相中容易析出，堵塞色谱柱。
  2、流动相中所使用的各种有机溶剂要尽可能使用色谱纯，配流动相的水尽量是纯水或玻璃器皿的双蒸水。如果将所配得流动相再经过 0.45μm 的滤膜过滤一次则较好，尤其是含盐的流动相。另外，装流动相的容器和色谱系统中的在线过滤器等装置应该定期清洗或更换。当必须要在 PH 值适用范围的边界条件下使用色谱柱时，每次使用结束后立即用适合于色谱柱储存并与所使用的流动相互溶的溶剂清洗，并*置换掉原来所使用的流动相。

  3、样品也要尽可能清洁，可选用样品过滤器或样品预处理柱（SPE）对样品进行预处理；若样品不便处理，要使用保护柱。在用正相色谱法分析样品时，的溶剂和样品应严格脱水。