类器官的培养可以利用体细胞、成体干细胞（包括祖细胞）或多能干细胞。2009年，肠道器官模拟技术取得突破，研究人员发现，成人肠道干细胞可以在体外增殖和自发组织化。其特征是能够表达LGR5，这是一种编码Wnt激动剂R-spondin受体的基因，同时需要特定的分子围绕在旁（如Wnt、KGF和noggin）。以此为理论基础，研究人员开发了一种三维培养体系，能够在体外重建肠道干细胞的适宜环境，并从肠道上皮细胞或单个LGR5+干细胞分化出具有自我更新能力、保持肠道腺窝绒毛状结构的类器官。该模型可以持续扩增达3个月，稳定的基因组保证了纯化和生产放大等优势，此后这种方法被用于从其它主要器官上皮组织培养各种类器官。

成人干细胞衍生的类器官培养，通常是通过将分离的成人干细胞或所需器官培养的单细胞悬浮液，嵌入到细胞外基质（ECM）水凝胶中来建立的。例如肠道器官，从小肠或结肠分离出的隐窝细胞足以培养出类器官，也可以从分离的成人肠干细胞中培养出类器官。

上皮类器官培养基是以附加与器官相关的生长因子的培养基为基础的。因此，从其他组织（如呼吸道、肝脏、胰腺、皮肤、膀胱、大脑、心脏）提取的细胞器要求在培养中补充相关生长因子。例如大脑类器官培养过程如下图：诱导多能干细胞（iPSC）衍生细胞在神经诱导介质中生长，产生神经外胚层，嵌入Matrigel中，并在旋转生物反应器或轨道摇床中生长，以更好地扩散，获得三维脑器官。在暴露于维甲酸的情况下，大脑器官通过自我组装模式，形成自缔和组织，形成包括放射状胶质细胞在内的不同种群的神经祖细胞，这些神经祖细胞扩展形成大脑结构。

除了成体干细胞，多能干细胞（包括诱导干细胞和胚胎干细胞）也可以利用其自我更新及分化能力来制备类器官。由于从多能干细胞中提取的类器官是通过 同质群体定向分化而形成的，因此，必须在一个唤醒胚胎发生的动态过程中重新创造组织特异性细胞类型及其微环境。因此，多能干细胞类器官培养必须在分化过程中提供合适的生态位信号。由于这一过程较复杂，多能干细胞类器官往往含有不同于模型器官的细胞类型，使靶组织的信号环境和自组织复杂化。