不会N-糖蛋白质组学?搞懂这三篇文献,带你轻松入门
时间:2024-12-06 阅读:127
简介:
N-糖蛋白质组学是蛋白质组学的一个分支,主要研究蛋白质的N-糖基化修饰。N-糖基化是蛋白质zui普遍、复杂及重要的一种翻译后修饰之一,位点特异的完整糖肽分析不仅能反映出特定糖型变化,并且可以指向特定的肽段及蛋白。
接下来让我们从三篇文章看阿尔茨海默病糖蛋白质组学研究现状
第一篇
Zhang Q, Ma C, Chin L, et al. Integrative glycoproteomics reveals protein N-glycosylation aberrations and glycoproteomic network alterations in Alzheimer's disease[J]. Sci Adv, 2020,6(40).
关键论点:
1.本研究是shou次对人类AD和对照大脑进行大规模、位点特异性的N-糖蛋白组分析,采用质谱定量技术。
2.研究识别了AD中N-糖肽、N-糖蛋白及N-糖基化位点占用率的疾病特征。
3.N-糖基组驱动的网络分析揭示了与AD表型相关的多个共调控模块。
研究方法:
本研究采用了质谱基础的定量N-糖基组学方法,对人类AD和对照大脑进行了系统分析:
1.样本采集:收集人类AD患者和健康对照者的脑组织样本,进行N-糖基组的全面分析。
2.质谱分析:利用高分辨率质谱技术,进行N-糖基化位点的定量和特征识别。
3.网络分析:通过对共调控N-糖肽/糖蛋白的网络分析,识别出13个模块,其中6个与AD表型相关。
4.数据分析:运用生物信息学工具分析N-糖基化影响的生物过程和通路,揭示AD中N-糖基化的异常。
第二篇
Hawkinson T R, Clarke H A, Young L E A, et al. In situ spatial glycomic imaging of mouse and human Alzheimer's disease brains[J]. Alzheimers Dement, 2022,18(10):1721-1735.
关键论点:
1.N-连接糖的异质性与AD相关,可能揭示AD病理机制的基础。
2.通过优化的酶辅助、基质辅助激光解吸电离(MALDI)质谱成像技术,能够有效地分析和映射大脑中的N-连接糖。
研究方法:
本文提出了一种优化的工作流程,用于大脑N-连接糖的空间成像,具体方法如下:
1.方法设计:采用酶辅助的MALDI质谱成像技术,能够高效地分析大脑样本中的N-连接糖分布。此方法的优化在于提高了成像的分辨率和灵敏度。
2.样本处理:样本包括小鼠和人类AD大脑及其年龄匹配的对照组,通过特定的酶处理以释放N-连接糖,随后进行质谱成像分析。
3.数据分析:对获取的质谱数据进行定量分析,以识别与AD相关的区域特异性N-连接糖变化。这些变化可能反映出糖基化在AD进展中的潜在作用。
第三篇
Zhang Q, Ma C, Chin L, et al. Human brain glycoform coregulation network and glycan modification alterations in Alzheimer's disease[J]. Sci Adv, 2024,10(14):eadk6911.
关键论点:
1.通过完整的糖肽定量糖蛋白组学和系统生物学方法,研究识别了超过10,000种人脑N-糖型及其在阿尔茨海默病中的变化。
2.发现了糖基化的疾病特征,包括在AD中减少的唾液酸化、N-糖的分支和延长,以及增加的甘露糖化和N-糖的截短。
3.通过网络分析,揭示了脑糖蛋白组的高阶组织结构及其与AD临床表型、淀粉样β积累和tau病理的关联。
研究方法
本文采用了一种完整的糖肽定量糖蛋白组学方法,并结合系统生物学进行数据分析:
1.方法设计:通过分析人脑样本中的糖肽,识别和定量不同的N-糖型,构建糖基化网络。此方法允许对糖基化变化进行全面的定量分析,提供了疾病相关的生物标志物。
2.数据分析:使用网络分析方法对识别的糖型进行高阶组织结构分析,揭示了不同糖基化模式之间的相互作用和调控关系。
3.创新点:结合系统生物学的网络分析方法,shou次揭示了脑糖蛋白组中糖型和糖基的模块化结构,提供了与AD相关的临床表型的深入理解。
这三篇文章从不同角度解析了与AD发生相关的蛋白质N-糖基化修饰。对于疾病糖蛋白质组学的研究来说,临床样本的选择是最为关键的:目前更多研究AD的文章主要采用脑脊液或者血液作为研究目标,这样的研究发现的糖蛋白质一般为诊断标志物,限制了对于疾病发生发展机制的深入研究。对于糖蛋白质组学技术来说,以完整糖肽为核心的糖蛋白质组学策略可以从蛋白质、糖基化位点和糖链三位一体的分析糖蛋白质;针对于以N-糖链为核心的糖蛋白质组学技术,质谱成像技术可以绘制N-糖链分子的组织空间分布图像,这使得这一技术备受关注。