气相色谱仪的气路系统可以分为单气路和双气路两类。单其路系统包括一个进样口，一路载气。一般来说这种气路（仪器）只能安装1根填充柱，只能使用一些较简单的样品分析。
双气路，两个进样口（填充柱和分流／不分流毛细管柱进样口）的气路系统，可以安装1根填充柱和1根毛细管柱。可同时安装两个检测器，如TCD和FID或者ECD和FID。图2-1是典型的双气路色谱系统的示意图。
图2-1 典型双柱仪器系统的气路控制示意图
l一载气(氮气或氦气)；2一氢气；3一压缩空气；4一减压阀(若采用气体发生器就可不用减压阀)；5一气体净化器；6一稳压阀及压力表；7一三通连接头；8一分流／不分流进样口柱前压调节阀及压力表；9一填充柱进样口柱前压调节阀及压力表；10一尾吹气调节阀；ll一氢气调节阀；12一空气调节阀；13*量计(有些仪器不安装流量计)；14一分流／不分流进样口；15一分流器；16一隔垫吹扫气调节阀；17一隔垫吹扫放空口；18一分流流量控制阀；19一分流气放空口；20一毛细管柱；2l—FID检测；22一检测器放空出口；23一填充柱进样口；24一隔垫吹扫气调节阀；25一隔垫吹扫放空口；26一填充柱；27一TCD检测器，28一TCD放空口
载气流量控制是通过两级压力调节，无论在分流或者无分流的状态都能保证色谱柱前的压力稳定不变，从而保证色谱柱流速不变。一个气源供填充柱和毛细管柱两路载气外，还提供第三路气体作为隔垫吹扫，该路气流用针形阀调节，流量约2-3ml/min。同一气路提供的第四路气是作检测器的辅助气，流量由针阀调节。另有一类色谱仪是采用恒流控制模式来控制载气的流量。这种控制方式可以克服色谱柱在程序升温时，由于阻力改变而产生的载气流速的变化。保持柱流速在升温过程不变，但当调节分流流量的同时。必须同时调节柱前压至原来的压力，否则是柱载气流速改变。
90年代初，首先由惠普公司在气相色谱仪上采用了电子压力流量控制系统－EPC（它是由一电子压力传感器和电子流量控制器组成）。EPC*通过计算机操作。极大地提高了仪器的性和稳定性，在色谱数据重复性提高的同时，又简化了人对仪器的操作。
装有EPC的色谱仪自动化程度高。如果安装好毛细管色谱柱后，只需输入色谱柱尺寸和所需流量或者柱前压，电脑就会自动计算并设置好各个压力参数。载气流量可用压力控制模式也可用恒流控制模式，还可以设置压力编程。EPC还有节气功能，当然这种仪器的价格是很可观的。
对于各种气的纯度应引起色谱工作者的重视。特别用毛细管，因其固定液只是填充柱的百分之一到千分之几。若载气中含有微量氧，在较高温度下会使某些极性固定液很快氧化，致使柱效率下降或者失效。为此即是五个9的高纯氮气也应该加脱氧管净化。
为使色谱仪器噪音zui小，检测器的灵敏度zui高，各路气体也都应该通过脱水和除油等净化器，净化器必须定期更换。
