菁染料是近红外荧光染料中的一类荧光染料，统的可见光染料相比有的。由于和组织的自发荧光在近红外波段小，因此在检测复杂生物时，近红外染料能提供的特异性和灵敏度。同时，由于光波在近红外区段的组织透过性好。菁染料的摩尔吸光系数在荧光染料中是的，Cy5 hydrazide, Cy5.5 alkyne 和Cy7 NHS ester 的吸收在近红外区背景低，是荧光度、稳定的长波长染料。特别适合于活体小体内成像代替放射性元素。
目前市面上的菁染料比较，主要是因为菁染料, 尤其是不对称菁染料的副反应多, 副产物性相近, 产物的分离提纯相当困难。菁染料特别是水溶性菁染料分子性大, 分离提纯加困难。因此像Sulfo Cy5 Carboxylic acid就比脂溶性的Cyanine7 amine这类产品贵一些。水溶性的Sulfo-Cyanine3 NHS ester就比脂溶性Cyanine5 azide贵一些。
Cyanine菁染料是近红外荧光染料中的一类荧光染料，和组织的自发荧光在近红外波段小，能提供的特异性和灵敏度，菁染料是二个非区域电荷的氮原子通过聚合搭桥的方式形成的一种分子，以下图片诠释：
由于Cy染料的结构式特点，他们往往有着的消选光系数，数值达100,000 Lmol-1cm-1
Cy系列的荧光染料我们一般分为磺酸化菁染料和非磺酸化菁染料non-sulfonated cyanines, and sulfonated cyanines.他们的光谱性质基本相同，和蛋白 小分子修饰反应也几乎是一样的，*不同的在于他们的溶解性，非磺酸化菁染料是脂溶性的，磺酸化菁染料是水溶性的，结构式上也会有些不同。
Non-sulfonated cyanines非磺酸化菁染料包括以下：
Cy3.5 alkyne、Cy3 azide、Cy3 carboxylic acid、Cy3 NHS ester、Cy5 amine、Cy5 maleimide
Cyanine3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cyanine3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cyanine5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cyanine5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cyanine7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cyanine7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
大多数非磺酸化菁染料都在有机相里去跟蛋白、多肽、抗体及小分子材料进行下一步的反应。
Sulfonated cyanine磺酸化菁染料包括以下：
Sulfo-Cy 5 NHS ester, Sulfo-Cy3 maleimide, Sulfo-Cy7 azide, Sulfo-Cy5 carboxylic acid
Sulfo Cyanine3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cyanine3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cyanine5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
虽然非磺酸化菁染料和磺酸化菁染料有着相同的荧光特性，但是在具体使用上还是有一些差异性的，非磺酸化菁染料溶解在有机溶剂中如DMF或DMSO中使用，并加入缓冲水溶液buffers来使用，磺酸化菁染料溶解在水中，整个使用过程在水相中进行。
Most derivatives of non-sulfonated cyanines (except for hydrochlorides of hydrazides and amines) have low aqueous solubility. When these molecules are used for biomolecule labeling, use of organic co-solvent (5-20% of DMF or DMSO) is necessary for efficient reaction. Cyanine dye should be dissolved in organic solvent first, and added to a solution of biomolecule (protein, peptide, amino-labeled DNA) in appropriate aqueous buffer. When conjugation takes place efficiently, the dye reacts before it precipitates.
Fluorescent properties of non-sulfonated cyanines have little dependence on solvent and surrounding. Absorbance and fluorescence spectra of non-sulfonated cyanine dyes are plotted below.
磺酸化菁染料和非磺酸化菁荧光染料可以用于标记不同的目标分子：
磺酸化菁荧光染料可用于：
非磺酸化菁荧光染料可用于：
西安瑞禧生物科技有限公司经营的磺酸化菁染料和非磺酸化菁荧光染料达95%以上，并可以因为质量。
非磺酸化菁荧光染料产品列表：
Cy3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cy3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cy5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cy5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cy7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cy7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
磺酸化菁荧光染料产品列表：
Sulfo Cy3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cy3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cy5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cy5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cy7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cy7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
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