在这部分工作中，我们采用了高 pH 反相色谱结合二氧化钛富集以及二氧化钛富集结合强阳离子交换分级两条技术路线来对实现对 Hela 细胞的磷酸化蛋白质组的深度覆盖。zui终我们的实验一共鉴定到了 8,696 个蛋白质上的近 40,000 个磷酸化位点。
在二氧化钛富集结合强阳离子交换分级的技术路线中，SCX 分级的梯度还值得进一步优化，对于这种组分较少的预分级方法，阶梯洗脱会是一个更好的选择。这种大规模的磷酸化肽段富集方法对样品的起始量要求比较高，如果样品较少的话，建议采用二氧化钛富集结合强阳离子交换的策略，一般 2 mg 起始蛋白就能得到较多的磷酸化位点鉴定。ThermoFisher也提供了商业化的 IMAC 试剂盒（Cat # 88300），鉴于 IMAC 和 TiO2 对磷酸化肽段富集有着较好的互补性，这两者联用会对磷酸化蛋白质组的深度覆盖达到更好的效果。
