电泳槽时凝胶时间不对，那么通常胶在60min，1H内凝，如果凝的太慢，可能是TEMEN，APS剂量不够或者失效。APS应该现配现用，TEMED不稳定，容易被氧化成黄色。如果凝的太快，可能是APS和TEMED用量过多，此时胶太硬易裂，电泳时易烧胶。
纹理和托尾现：由于样品溶解不佳引起的，克服的方法可以在加样前离心，增加一些增溶辅助试剂如尿素。
蛋白带过宽，与邻近泳道的蛋白带相连时由于加样量太多，可以减少上样量。
电泳时间比正常要长。可能由于凝胶缓冲系统和电极缓冲系统的PH选择错误，即缓冲系统的PH和被分离物质的等电点差别太小，或缓冲系统的离子强度太高。
指示剂成微笑符号(指示剂前沿呈现向上的曲线形)，说明凝胶的不均匀冷却，中间部分冷却不好，导致分子有不同的迁移率所致。
指示剂成哭脸符号(指示剂前沿呈现向下的曲线形)，由于电泳槽的装置不合适，尤其是凝胶和玻璃板组成的“三明治”底部有气泡或靠近隔片的凝胶聚合不*。
