1.先设定好使用温度，通常为4℃后，先把离心陀放入离心舱中，注意离心陀要卡好轴心；关上舱门，离心舱的温度开始下降，预冷时间要充足。
2.把样本装入适当的离心管，双双用天平平衡重量，盖上离心管盖子并旋紧。
注意离心管只装七成满，虽然加有盖子，但也可能因离心力太强而外泄。 大部分离心管都附有盖子，注意离心管的盖子也要一起平衡。离心管通常都会放在碎冰上，注意取出平衡时，要把碎冰的液体擦拭干净。落单的离心管要用另一只装有清水的离心管平衡。
3.把平衡好的离心管对称地放入离心陀中，盖上离心陀的盖子，注意有无旋紧。若离心陀的盖子没旋紧，离心时会掉出来，造成很大的伤害！
4.关上离心机舱门，在仪表板上调好所要的转速与时间；例如：8000rpm、30min。注意所用转速不能超过离心陀的限定，zui高转速通常写在离心陀上面，例如H-2000R离心机的zui高转速为20000rpm，但若离心机太老旧，必须往下调降。转速与时间设定尽量不要太高，例如能使7000rpm者就不要用8000rpm。
5.确定所有步骤无误后，按"Start"按钮开动，离心机渐渐加速，此时要密切监控，开始加速的时候zui危险，若发现声音不对，或产生大震动，请立刻按“Stop”，且不可直接关电源。等到离心达到所要的转速后，确定一切正常才可离去。
6.完成离心时，要等离心陀*静止后，才能打开舱门；请尽快取出离心管，先观察离心管是否*，以及沉淀的位置，快速把上清液倒出，小心不要把沉淀弄混浊。不管所要的是上清或沉淀，请取用干净的烧杯收集上清，以免有失误。倾倒上清要很小心，以免把沉淀一起倒出来；若不慎混在一起，就要重来一次。若离心管有漏，要找出原因，并且立刻清理离心陀或离心舱。
7.在两次离心之间的空档，不需取出离心陀，但盖上舱门，勿让热空气流入离心舱。
8.全部使用完毕后，取出离心陀清理，可以用自来水冲洗，并且倒放晾干。离心舱门要打开，等结冰融化后，再稍加擦拭及清理，若有液体漏出，要用清水洗之。也要回头检查平衡离心管的天平以及桌面，很容易弄脏，要仔细清理干净才离开。
