基线扭动指基线上下扭摆不停超出标准范围、无法走直稳定。
注意：发现基线扭动时，请先检查电网电源是否有异常波动或突变，特别是在同一电网电源上接有大功率装置时，更要注意。同时检查仪器的接地是否正确并且良好。
A.将火焰熄灭之后基线如果还是扭动：
1.检查检测器是否被污染，如果污染请进行清洗。
2.检查检测器的温度是否正常，必要时检测器进行老化。
3.检查是否离子信号线故障、放大器电路板故障、输出信号线故障、积分仪/工作站故障。
B.将火焰熄灭之后基线停止扭动，降低色谱柱箱的温度扭动幅度却不变小：
1.检查使用的空气是否有污染现象，注意更换气体过滤器的过滤剂，及对空气压缩机进行放水。
2.检查空气压缩机的起动与基线扭动有没有关系，否则维修空气压缩机。
3.检查检测器是否被污染，如果污染请进行清洗。
4.检查检测器的温度是否正常，必要时检测器进行老化。
C.降低色谱柱温度后基线扭动减少，但降低进样器温度扭动幅度却不变小，则基线扭动的原因与色谱柱或载气有关：
1.检查载气是否污染或流量不正常。
2.检查色谱柱安装连接部分或进样垫部分是否有漏气现象。
3.检讨是否色谱柱老化不足，必要时对色谱柱进行老化。
D.降低进样口温度之后基线扭动减少，要考虑是否进样口有污染现象：
1.如果确认进样器污染，请进行清洗。
2.更换新的进样垫。
3.检查进样器温度是否波动。
基线漂移过大：
基线漂移过大是指基线的漂移比正常的标准高很多，并且始终无法稳定下来。仪器刚启动、色谱柱更换后不久，基线的漂移是正常现象。
A.将火焰熄灭之后如果基线还是漂移很大，要考虑是否电路系统的故障或接触不良、绝缘退化等因素：
1.检查检测器和离子信号线是否有接触不良、绝缘退化等现象。 使用TCD时，检查TCD的钨丝及引线是否接触不良。
2.检查检测器是否被污染，如果污染请进行清洗。
3.检查检测器的温度是否正常，必要时对检测器进行老化。
4.检查是否离子信号线故障、放大器电路板故障、输出信号线故障、积分仪/工作站故障。
B.将火焰熄灭之后基线不再漂移，降低色谱柱箱的温度漂移幅度却不变小，这种情况是色谱柱之后的部分有问题：
1.检查各种气体是否污染或流量不正常。
2.检查检测器是否被污染，如果污染请进行清洗。
3.检测器的使用温度在350℃以上时，某些毛细管色谱柱外侧的树脂成分可能受热分解引起基线漂移，这种情况请把FID温度降到350℃以下。
4.检查检测器温度是否波动。
5.使用TCD时，检查TCD钨丝电流的设定是否太大。
