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微生物菌种鉴定所遇到如下问题

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2017/8/22 13:37:42

1.微生物菌种鉴定的方法和步骤是什么?

菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA,然后PCR扩增16srDNA上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种细菌(当然也有例外,DNA序列仅仅是一个参考指标)。

2. 微生物的菌种鉴定可以鉴定到“株”一级吗?

如果你的菌株是自然界中分离得到,就只能鉴定到种,不能鉴定到株,因为多多少少和其他株系的细菌有区别,即便你做了一些特征的鉴定,发现和某一株细菌一模一样,你也没有理由说你的细菌就是那一株细菌,因为你不可能把所有的特征都做完,株和株之间的关系就相当于不同的人之间的关系,世界上不可能有*相同的两个人。除非你知道你的细菌本来就是某一株细菌扩增出来的(而且要保证没有变异,否则就是一个新株),可是这样就没必要鉴定了。

3.为什么鉴定出来的菌种跟我想象的相差太大?

答:我们菌种鉴定使用PCR直接扩增的方法,即以客户提供的菌株为模版直接进行PCR扩增,中间不经过传代培养,因此不会引入新的污染,如果出现结果不一致的情况,一般有以下原因导致:

     1、您提供的样品未经过三次分离纯化,含有其他杂菌;

     2、您提供样品的情况确认如此。

建议您提供三次纯化的菌株重新进行鉴定。

4.为什么有时会出现PCR扩增不出的现象;

答:扩增不出的原因主要有以下几种:

     1、您提供的菌种从严格意义上讲不是细菌或者真菌,或者是信息有误;

     2、您提供的菌种为革兰氏阳性菌,由于细胞壁较厚,采用常规方法不能有效地破壁;

     3、培养基或菌体中表达产物含有抑制PCR产物的组份。对于第二种或第三种情况需要提供基因组DNA。

     5.PCR扩增直接测序为什么会出现套峰的现象;

答:1、测序结果个别碱基出现N,是由细菌rDNA多态性造成,对菌种鉴定没有无影响;

     2、所有测序反应均出现大面积套峰,是由于您提供的样品模版不纯造成的。

这种情况需要重新纯化微生物菌种

6.PCR产物克隆测序为什么会出现结果分离的现象?

答:我们以菌种为模版直接进行PCR扩增,然后对PCR产物进行克隆测序,如果出现2种或以上的测序结果,说明您提供的模版不单一,即菌种不纯,含有其他杂菌,这种情况建议您将菌种重新进行三次以上纯化。

7.菌种鉴定可以鉴定到种吗?

答:利用rRNA的保守区域进行鉴定只是菌种鉴定的一个分子生物学指标,通过鉴定结果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪个种属比较接近。如果鉴定至种,还需要DNA杂交、基因组GC含量、生理生化指标等来综合判断。
YSRIBIO387    Potassium Bitartrate (AS)    酒石酸氢钾标准品    868-14-4     3g
YSRIBIO388    Potassium Bicarbonate (AS)    碳酸氢钾标准品    298-14-6     1g
YSRIBIO389    Potassium Benzoate (AS)    苯甲酸钾标准品    582-25-2     1g
YSRIBIO390    Potassium Acetate (AS)    醋酸钾标准品    127-08-2     500mg
YSRIBIO391    Positive Bioreaction    生物活性测定阳性对照标准品        3 strips
YSRIBIO392    Polyvinyl Alcohol    聚乙烯醇标准品    9002-89-5     100mg
YSRIBIO393    Polyvinyl Acetate Dispersion    聚乙烯乙酸酯分散体标准品    9003-20-7     1g
微生物菌种

 

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