随着科学技术的进步，巴氏杀菌方法被广泛使用，而且现在产生了各种各样的巴氏杀菌法，比如，低温处理法、高温处理法、微生物法等。
“低温长时间”处理是一个间歇过程，只被小型乳品厂用来生产一些奶酪制品。“高温短时间”处理是一个“流动”过程，通常在板式热交换器中进行，被广泛应用于饮用牛奶的生产。通过该方式获得的产品不是无菌的，即仍含有微生物，且在储存和处理的过程中需要冷藏。 “快速巴氏杀菌”主要应用于生产酸奶乳制品。目前上通用的巴氏高温消毒法主要有两种：一种是将牛奶加热到62到65摄氏度，保持30分钟；另一种是第二种方法是利用巴氏杀菌法将牛奶加热到75到90摄氏度，保温15秒。
巴氏杀菌机应用于牛奶的灭菌，既可杀死对健康有害的病原菌又可使乳质尽量少发生变化。也就是根据对耐高温性*的结核菌热致死曲线和乳质中zui易受热影响的奶油分离性热破坏曲线的差异原理，在低温下长时间或高温下短时间进行加热处理的一种方法。其中，在60℃以下加热30分钟的方式，作为低温灭菌的标准，早为世界广泛采用。利用高温处理，虽对乳质多少有些影响，但可增强灭菌效果，这种方法称为高温灭菌，也就是在95℃以上加热20分钟。巴氏灭菌法除牛奶之外，也可应用于发酵产品。通常市场上出售的袋装牛奶就是采用巴氏灭菌法生产的。工厂采来鲜牛奶，先进行低温处理，然后用巴氏消毒法进行灭菌。用这种方法生产的袋装牛奶通常可以保存较长时间。当然，具体的处理过程和工艺要复杂的多，不过总体原则就是这样。
