(1)附着物质的影响。本仪器对那些妨碍探头与覆盖层表面紧密接触的附着物质敏感。因此必须清除附着物质，以保证探头与覆盖层表面直接接触。在进行系统校准时，选择的基体的表面也必须是裸露的、光滑的。
(2)强磁场的干扰。我们曾做过一个简单实验，当仪器在1万V左右的电磁场附近工作时，测量会受到严重的干扰。如果离电磁场非常近时还有可能会发生死机现象。
(3)人为因素。这中情况经常会发生在新用户的身上。涂层测厚仪之所以能够测量到微米级就因为它能够采取磁通量的微小变化，并把它转化成为数字信号。在使用仪器测量过程中如果用户对本仪器不熟悉就可能使探头偏离被测机体，使磁通量发生变化造成错误测量。所以建议用户朋友初次使用本仪器时，要先掌握好测量方法。探头的放置方式对测量有很大影响，在测量中应使探头与试样表面保持垂直。并且探头的放置时间不宜过长，以免造成基体本身磁场的干扰。
(4) 在系统校准时没有选择合适的基体。基体zui小平面为7mm，zui小厚度为0.2mm，低于此临界条件测量是不可靠的。
(5)仪器发生故障。此时可以和技术人员交流或者返厂维修。
