反渗透膜清洗频率与预处理措施的完善程度是紧密相关的。预处理越完善，清洗间隔越长;反之，预处理越简单，清洗频率越高一般美国陶氏反渗透膜清洗是遵循“10%法则”一一当校正过的淡水流量与初200h 运行(压紧发生之后)的流量相比，降低了10 %和(或)观见察到 压差上升了10%-20%就需进行清洗。尽可能在脱盐率下降显示出来以前采取措施。正规安排的保护性维护清洗不足以保护反渗透系统，譬如，由于预废水处理EDI设备运行不正常，进水条件在短时间内就会发生变化。
反冲洗对于防止大颗粒对某此型式反渗透膜件的堵塞是有效的，但不是所有的污染都可通过简单的反冲洗就能清除掉，还需要有周期的化学清洗。化学清洗除需增加阻垢药剂和人工费用外，还有污染问题，所以也不可过于频繁，每月不应超过1-2次，每次清洗时间约1-2h。
化学清洗污水处理系统通常包括一台化学混合箱和与之相配的泵、混合器、加热器等。化学清洗是根据运行经验来决定（可以根据每列设各压终诗数与运行时间的关系曲,线，或是依据产水量、淡水水质和膜的压降等）。
化学清洗所用的药剂和方法，需根据污染源来决定。下表可供参考，但更应重视积累和应用本单位的经验。为了保证效果，在化学清洗前要进行冲洗。冲洗前先降压，再用2-3倍正常流速的进水冲洗膜，靠流体的搅动作用将污物从膜面剥离并冲走。然后针对污染特征，选择清洗液对膜进行化学清洗。为了保护反渗透膜件，液温不超过35’C 。
系统若停用5天以上 ,用甲醛冲洗后再投用。如果系统停用两周或更长一些时间，需用0. 2 5%甲醛浸泡以防微生物在膜中生长。化学药剂每周更换一次。
