水的消毒水处理方法可分化学的和物理的两种。物理消毒纯水制备方法有加热法、紫外线法、超声波等法。化学方法有加氯法、臭氧法、重金属离子法以及其他氧化剂法等。其中以加氯法使用为普遍，因为氯的消毒能力强，价格便宜，纯水设备简单，余氯测定方便，便于加量调节等优点而得到广泛中水回用应用。加氯法，除使用之外，还有氯的化合物，如次氯酸钠、次氯酸钙、氯胺类以及近国外在自来水厂中广为应用的二氧化氯一一这是一种比氯的氧化性能更为强烈的氧化水处理药剂。消毒还可以用非氧化型杀生物剂，如氯酚类消毒剂和季铵盐类化合物。近国外研制的二硫氰酸甲酷、盆酸十二烷基肌、有机溴化物等，以及国内研制成功的NL-4, SQ8, BCDMH等都是有效的消毒剂。此外，早期使用的还有铜盐，如硫酸铜等杀生剂，这些都属于化学方法消毒。
