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纯化抗原的鉴定方法较多，常用的有聚丙烯酰胺凝胶电泳法、结晶法、免疫电泳法、免疫双扩散法等。事实上，仅用一种方法还无法作纯度鉴定，只有几种方法联合应用才较可靠。结晶法不是纯度的标准，因结晶中往往含有其它成分。电泳谱中呈现单一区带也不能排除在这条带中含有其他成分。有时虽出现几条带，也可能是同一物质的聚合体或降解物。为获得好的免疫效果，抗原纯化后应进行鉴定才能用于动物免疫，抗原的鉴定主要包括以下几个方面：

1、含量检测
蛋白含量的测定zui准确的方法是凯氏定氮法，但由于要求有精密设备，故不适合一般实验室。一般实验室均采用分光光度计测量法。该法首先测定280nm和260nm的吸光度（A），再用经验公式计算蛋白含量。
蛋白含量（mg/ml）=A280×1.45-A260×0.74。
另外蛋白含量也可采用福林酚法，具体操作见临床生化技术。
2、分子量的鉴定
测定分子量一般采用SDS-PAGE电泳法，详见临床生化技术。
3、纯度鉴定
常采用区带电泳法鉴定，详见临床生化技术。
4、免疫活性鉴定
常采用双向琼脂扩散试验。