根据被分离组分和固定液分子间的相互作用关系，色谱柱固定液的选择一般根据所谓的“相似性原则”。即固定液的性质与被分离组分之间的某些相似性，如官能团、化学键、极性、某些化学性质等，性质相似时，两种分子间的作用力就强，被分离组分在固定液中的溶解度就大，分配系数大，因而保留时间就长;反之溶解度小，分配系数小，因而能很快流出色谱柱。
一般分为以下几种情况，
1、分离极性化合物，采用极性固定液
这时样品各组分与固定液分子间作用力主要是定向力和诱导力，各组分出峰次序按极性顺序，极性小的先出峰，极性越大，出峰越慢。
2、分离非极性化合物，应用非极性固定液
样品各组分与固定液分子间作用力是色散力，没有特殊选择性，这时各组分按沸点顺序出峰，沸点低的先出峰。对于沸点相近的异构物的分离，效率很低。
3、分离非极性和极性化合物的混合物时，
可用极性固定液，这时非极性组分先馏出，固定液极性越强，非极性组分越易流出。
4、对于能形成氢键的样品。
如醇、酚、胺和水的分离，一般选择极性或氢键型的固定液，这时依组分和固定液分子间形成氢键能力大小进行分离。
“相似相容性原则”是选择固定液的一般原则。
有时利用现有的固定液不能达到满意的分离结果时，往往采用“混合固定液”，应用两种或两种以上性质各不相同的，按适合比例混合的固定液，使色谱柱分离有比较满意的选择性，又不致使分析时间延长。
