有机胺类杀菌剂广泛地用来控制冷却水中的微生物，具有杀菌作用强，能杀死大多数微生物，还有相当良好的渗透能力和分散能力，与大多数水质稳定剂和处理剂中的化学药剂相容，能在较宽的PH值范围内使用，以及对鱼类等的毒性小，易降解，较少的环境污染等优点。其中季铵盐应用范围广并具有典型性。
季铵盐的突出特点是它能穿透黏泥和污垢，因此特别适用于产生黏泥和在污泥下滋生厌气菌的灭杀，5-20mg/L的氯化烷基甲基铵（DBA）就能有效地控制硫酸盐还原菌的危害。季铵盐具有分散能力，在使用过程中发泡，能将杀菌时剥离下来的黏泥分散带出，在旁滤池中过滤除去或随排污水而带出。
常用的非氧化性杀菌灭藻剂有以下几种：双氯酚、二氧氰基甲烷、异噻唑啉酮、（1227，苯扎氯铵、洁尔灭）、十二烷基二溴化铵（苯扎溴铵、新洁尔灭）等。
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