质谱仪以离子源、质量分析器和离子检测器为核心。离子源是使试样分子在高真空条件下离子化的装置。电离后的分子因接受了过多的能量会进一步碎裂成较小质量的多种碎片离子和中性粒子。它们在加速电场作用下获取具有相同能量的平均动能而进入质量分析器。
质谱分析手段在过去的十年中飞速发展，目前这种分析手段的应用几乎遍及每个角落。尤其是在生命科学领域中，质谱分析已经成为蛋白质以及小分子应用中*的一种分析手段。
从技术的角度来说，大部分的质谱仪都无法获得所需要的所有信息，因此必须同时应用两种或更多的检测手段来达到*大的灵敏度和生产能力。
对于某些应用来说，由于产物离子的灵敏性通常情况下不是很强，因此想要通过三倍的四极矩设备来获得高质量的谱图是非常困难的。这种灵敏性上的欠缺可以通过QqTOF技术来克服，这种技术能够提供附加的质谱信息，但是真实的前体和中性损失扫描实验以及可信赖的定量分析就很难实现了。尽管离子阱质谱仪（MS）可以实现多次敏感的质谱（MSn）实验，从而弄清楚反应机理，简化光谱的干扰。
但是前面的问题对于三维离子阱技术来说同样无法避免。尽管如此，三维离子阱很容易发生过载现象（空间充电效应），这种现象可能导致质量漂移，分解损失以及光谱和校准曲线的非线性。因此，三维离子阱不适用于较大量的分析。所有这些在**代混合线性离子阱/三倍四极质谱仪开发出以后都得到了改变，来自Applied Biosystems 和MDS SCIEX公司的Q TRAP LC/MS/MS系统，是在API 2000 LC/MS/MS平台的基础上开发出来的，产品已经投放市场，马上受到蛋白质以及药物开发质谱仪领域的广泛欢迎。
