影响生物滤池处理效果的因素主要包括：①生物膜的生长;②污水的性质;③氧;④温度;⑤pH和毒物。
①生物膜中的微生物利用污水中的有机物及营养物质，通过同化作用，合成新的细胞，使膜不断生长。对缺乏营养的工业废水系统，为了使膜（RO反渗透膜）生长良好，需外加营养，其扮加量与活性污泥系统相类似。厚度薄的生物膜，耗氧速率高、活性强。生长过厚的膜，大部分处于厌氧环境下，有机物分解速率慢，分解代谢产物仍为有机酸、醇等低分子有机化合物，同时还有臭气，脱落后有可能造成局部堵塞，影响通气及处理效果。
②由于污水同生物膜接触时间极短，生物滤池一般适宜于处理分子量小的或较易生物降解的有机废水，对难降解的有机废水，可以增加滤池的级数，或在工艺中采取出水回流等措施。
③生物膜中的氧从填料间隙之间的空气中获得。生物膜的耗氧则受BOD负荷、生物的数量、温度等的影响。为了提高滤池的效果，须注意改进填料的形状，使之既具有一定的强度，又具有尽可能大的空隙率。必要时可采用强制通风。
④同活性污泥系统相似，生物滤池生化反应速率也受温度的影响，在微生物适宜的温度范围内，温度降低，生物的活性和耗氧速率也降低。由于滤池采用自然通风充氧，受气温影响较大，温度系数为 1.02~1. 14，故冬季处理效果极差。
⑤同活性污泥法相比，滤池可抗冲击负荷和有较强的缓冲能力;同时膜具有一定的厚度及生物成层分布，在受冲击后恢复亦较快;但有一定的限度。污水pH合适范围为5.5-9.0，以6.5-8.5较佳。pH（PH控制器）的急剧变化与毒物的冲击都可使生物膜大片死亡、脱落，引起滤池阻塞和处理效果急剧下降。
