便携式水质自动采样器通常具有便于移动拖带、占地面积小、可将水样恒温冷藏、可与在线设备联网使用等特点。又因为其价格相对固定式在线水质采样器较实惠，因此很多用户会采购使用。
因为便携式自动水质采样器有其仪器本身的自有特性，在使用时应注意其外部的工作环境。
一、便携式自动水质采样器在使用时应注意防止淋雨。虽然仪器壳体已做密封处理，可应对偶发的表面的轻微淋水，但因仪器内部装配有线路板、控制器、连接线等，进水会可能导致仪器的短路，以致导致仪器的损坏。用户在使用时避免将其直接暴露于室外，可搭建简单的防水雨棚；
二、便携式自动水质采样器在使用时应注意防止暴晒以及置于密闭不通风的狭小空间内。因采样器采集水样后会对已采集的水样做恒温冷藏处理（水样贮存箱），制冷压缩机在冷藏过程中起到关键性作用，将采样器置于不通风的狭小空间或者暴晒会使压缩机工作时不能进行有效的通风、散热，会导致其超负荷运转，进而可能会导致压缩机损毁恒温冷藏功能失效。另一方面仪器的控制系统在运行时也会散放热量，为保证其运行良好，这部分热量也需通过空气流通带走。使用时用户需将采样器置于空气流通效果好，阳光不易直接照射的场所。
三、便携式水质采样器在使用时不易放置于斜坡面。用户在使用采样器时有一很普遍的要求即是采样量，但置于斜坡面会使水样在进入样品瓶时因产生倾斜可能会流入其他未样品瓶或者直接流入贮存箱内，从而导致出现样品瓶采样量不准确等现象的发生，因此在使用采样器时必须将其置于水平面。
四、便携式水质采样器在使用时不可置于震动台面上或周围有强烈震动环境内。长时间震动可能会使采样器零部件松脱，同时压缩机可能会由于震动而损坏，震动也可能会引起采样量不准确甚至采样失败等情况发生。
