很多用户对气相色谱直接进水样存在顾虑，这种顾虑是不无道理的。对于气相色谱，水分的影响主要体现在四个方面：
1、水的汽化膨胀系数比较大，进样时容易导致衬管超载，直接影响峰面积重现性；这个问题还会污染衬管上方气路，影响后面的实验。
2、水的表面能很大，而大部分的毛细管柱固定相的表面能低，导致水的润湿性能很差，严重影响峰形
3、很多检测器是怕水的，如ECD、MSD和NPD。大量水蒸气的进入会导致这些检测器的性能下降，水进样量较大时还容易使FID火焰熄灭。
4、盐类和很多不挥发性物质易溶于水，随水样进入而污染气相系统
鉴于以上潜在问题，气相色谱应尽量避免采用水作为进样溶剂。如果不得已进水样，请参考下面几点建议：
1：确保所用的检测器是不怕水的
2：选择不怕水的柱子，交联键合技术的色谱柱通常可以进水样。
3：建议使用大体积的衬管和小的进样量来避免衬管超载
初始柱温建议大于100℃。适当加长分析后对柱子的高温烘烤时间。
