由于co-IP相对问题较多，以co-IP为例进行介绍。
Step 1固定抗体
Step 2加样
Step 3结合，去除非特异性蛋白
Step 4靶蛋白（红色）洗脱或者互作蛋白复合物（红色+黄色）洗脱
Step 5分析检测—Western Blot或者质谱
常用“黑话”
上图证明了EDR1和EDR4有相互作用。如果想要设计好实验，让我们先弄清以下“黑话”的意思吧。
阳性对照：证实细胞裂解物中确实存在靶蛋白（IP）或者互作蛋白对（co-IP，比如诱饵蛋白X和靶蛋白Y），即为常说的input。可直接取抽好的蛋白溶液进行Western。
阴性对照：用来排除假阳性。IP/co-IP 后靶蛋白或者互作蛋白对都检测到了，固然是值得高兴的，但是这结果是不是假阳性呢？还得做个阴性对照。阴性对照如何设置呢？考虑到整个实验体系会出现beads、抗X抗体、诱饵蛋白X、靶蛋白Y（co-IP）：
*注意：总蛋白上样量过多也会造成 非特异性结合，建议上样量为500ug-1mg。上样之前一定要先用BCA定个量！定个量！定个量！
pre-clear：上样前先用裂解液过一遍柱子，减少基质本身对蛋白的吸附。
Output：在某些co-IP实验中，实验人员会把IP后的上清分别进行诱饵蛋白X和靶蛋白Y的WB检测，该对照组称为output组。
内源性co-IP实验，如果终结果为阳性，则可以证明两个蛋白之间存在相互作用；但是结果为阴性，是否两个蛋白就一定不发生相互作用了了呢？也不一定。有可能是两个蛋白是弱相互作用力，这时候可能需要交联剂协助，锁定强化弱互作蛋白；也有可能是内源蛋白表达量低，可先做过表达co-IP作为对照。
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