显微镜是由一个透镜或几个透镜的组合构成的一种光学仪器，是人类进入原子时代的标志。主要用于放大微小物体成为人的肉眼所能看到的仪器。显微镜分为光学显微镜和电子显微镜。现在的光学显微镜可把物体放大1600倍，国内显微镜机械筒长度一般是160毫米。其中对显微镜研制，微生物学有巨大贡献的人为列文虎克，荷兰籍人。
光学显微镜由目镜，物镜，粗准焦螺旋，细准焦螺旋，压片夹，通光孔，遮光器，转换器，反光镜；载物台，镜臂，镜筒，镜座，聚光器，光阑组成。
D=0.61λ/N*sin（α/2）
D：分辨率
λ：光源波长
α：物镜镜口角（标本在光轴的一点对物镜镜口的张角）
想要提高分辨率，可以通过：1、降低λ，例如使用紫外线作为光源；2、增大N，例如放在香柏油中；3、增大α，即尽可能地使物镜与标本的距离降低
电子显微镜有与光学显微镜相似的基本结构特征，但它有着比光学显微镜高得多的对物体的放大及分辨本领，它将电子流作为一种新的光源，使物体成像。至今，除了透射电镜本身的性能不断的提高外，还发展了其他多种类型的电镜。结合各种电镜样品制备技术，可对样品进行多方面的结构 或结构与功能关系的深入研究。显微镜被用来观察微小物体的图像。常用于生物、医药及微小粒子的观测。电子显微镜可把物体放大到200万倍。
台式显微镜
主要是指传统式的显微镜,是纯光学放大，其放大倍率较高，成像质量较好，但一般体积较大,不便于移动,多应用于实验室内,不便外出或现场检测。
主要是近几年发展出来的数码显微镜与视频显微镜系列的延伸。和传统光学放大不同,手持式显微镜都是数码放大，其一般追求便携，小巧而精致，便于携带；且有的手持式显微镜有自己的屏幕，可脱离电脑主机独立成像，操作方便，还可集成一些数码功能，如支持拍照、录像、图像对比、测量等功能。
数码液晶显微镜
开始是由博宇公司研发生产的，该显微镜保留了光学显微镜的清晰，汇集了数码显微镜的强大拓展、视频显微镜的直观显示和便携式显微镜的简洁方便等优点。
扫描隧道显微镜亦称为“扫描穿隧式显微镜”、“隧道扫描显微镜”，是一种利用量子理论中的隧道效应探测物质表面结构的仪器。它作为一种扫描探针显微术工具，扫描隧道显微镜可以让科学家观察和定位单个原子，它具有比它的同类原子力显微镜更加高的分辨率。此外，扫描隧道显微镜在低温下（4K）可以利用探针准确操纵原子，因此它在纳米科技既是重要的测量工具又是加工工具。
