自动菌落计数仪利用图像采集器采集图像，通过计算机对图像进行分析，自动计数和测量细菌在固体培养基上生长而形成的肉眼可见的菌落或菌斑，广泛应用于食品和饮料中的品质和卫生检验、水质分析、乳及乳制品的检测、医院临床检验、化妆品检验、环保监测和药品的品质与质量检测等，符合国家标准及各相关行业有关规定，适用于微生物的菌落计数和计算等，是现代微生物检测实验室先进的菌落计数仪。
一、成像硬件的选型
成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像的、扫描成像的。由摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。然而，拍照成像的致命弱点是：成像环境中的光线强度，无论是暗视野，还是背光，想要做到图像中心与边缘保持*一致，是不可能的。从而引起平皿上亮度的不一致，这就严重干扰了菌落目标的自动识别。因此，如果要选购拍照成像的，其分析软件就一定要具有背景矫正功能，以便自动改善成像的效果。扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，因此光线强度非常均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的根本上解决了菌落目标的亮度不匀问题，因此计数分析非常稳定。目前，以300dpi分辨率（3482×2396像素成像）扫描6个90mm直径平皿的速度，暗视野成像约12秒、背光成像约20秒，就其成像速度而言，与单反相机、卡片机拍照成像的速度相当。由于扫描成像的光线均匀度远远高于拍照成像，为获得高质量的成像效果，以便实现“傻瓜式”分析。扫描成像的另一优点是：成像分辨率可调，单平皿成像可达4800dpi（即：25.4/4800=0.00529mm/像素），是任何拍照成像远不及的。可以预期：扫描成像将很快成为主流选择。
二、分析软件的选型
分析软件是自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑：对于各类成像干扰的自动排出能力。比如：能否自动矫正背景，等等。另外，对于严重粘连在一起的团装、链状分布菌落，将其自动分割开来的水平，也是评价分析软件的考量指标。尤其是：对于同类菌落的“一键”化的智能分类计数能力，以及对于菌落计数分类的自动识别学习能力，更是评价分析软件的关键考量指标。现在比较好的分析软件，还集成了对6个90mm直径平皿的抑菌圈全自动测量功能，以及对抗生素效价分析、药敏分析功能，可避免用户重复购置成像用的硬件。一般分析软件都应具备对于分析结果和标记图像的保存、查看功能。
三、、稳定的傻瓜式操作
自动菌落计数仪就是为了减轻工作人员工作强度的，在现今的高技术下，如果还需要估算才能测出菌落数的话，应是比较落后了。遵循：能“不变应变”、稳定地傻瓜式操作的分析软件，对于菌落形态和样品状态的不确定性，能够自动适应，以避免不断地调节菌落分割参数，其多由对话交互来擦除那些个别污染部分。
