菌落计数法是种统计物品含菌数的有效方法。方法如下：将待测样品经适当稀释之后，其中的微生物充分分散成单个细胞，取一定量的稀释样液涂布到平板上，经过培养，由每个单细胞生长繁殖而形成肉眼可见的菌落，即一个单菌落应代表原样品中的一个单细胞，根据其稀释倍数和取样接种量即可换算出样品中的含菌数。
全自动菌落分析仪采用全封闭暗箱，隔绝环境光的干扰，*消除杂散光在玻璃培养皿折射形成的光斑、光环现象，为菌落计数提供了*的光影条件。
可见光采用3色LED模拟自然光，上光源具有环绕360度无影照射功能，为菌落成像提供*、立体、清晰的成像效果。下光源采用悬浮式暗视野装置，该装置将培养皿置于空间悬浮状态，利用光的折射和反射，形成菌落的空间立体影像，从而实现对微小菌落的透视和高清晰观察。
快速菌落统计：
1.单一颜色快速统计：对单色菌落、多色菌落、小菌落、大菌落、颜色菌落和蔓延菌进行快速统计。
2.多色菌自动叠加计数：用取色笔对目标菌落颜色提取，即可自动分割出所选区域内所有相同颜色菌落，该算法适用于颜色菌落的快速统计。
3.微小菌统计：适应于微小菌落的统计。
4.特大菌统计：区域内大菌落的快速统计，该算法偏重于大菌落统计。
5.与背景色相似菌统计：区域内菌落与培养皿背景颜色相似时，采用背景色相似菌统计。
黏连菌统计：适用于背景颜色单一、菌落颜色不*且边缘模糊的菌落快速统计。
6.分散菌统计：对边缘清晰，分散的菌落进行快速统计。
7.网格滤膜：包括3M纸片菌落统计、滤膜纸片菌落统计、实线纸片菌落统计。
8.显示菌落统计结果，包括菌落总数、菌落形态、分类统计。菌落形态包括每个菌落的编号、位置、等效直径、周长、面积、圆度、短径和长径。分类统计根据菌落的直径把菌落分成25个类别，用户可以直观地查看每个类别的菌落总数。
全自动菌落分析仪数据安全与管理
1) 多用户登录系统，每个账户形成独立数据，数据长期保存
2) 统计结果以PDF格式输出，原始数据不可更改
3) 具备审计追踪功能，操作人员在软件上的每一步操作软件自动记录，以便后续结果数据的追溯
4) 与CFR 21 第11部分兼容：系统安全，操作控制，文件管理
